Khi cuộc khởi nghĩa Nghĩa Hòa Đoàn xảy ra, Từ Hy Thái hậu muốn lợi dụng thế lực của Nghĩa Hòa Đoàn để chống các nước đế quốc nên ra lệnh tuyên chiến với các nước. Tuy nhiên các tỉnh miền đông nam lại không ủng hộ chính phủ, các đốc phủ Lưu Khôn Nhất (Lưỡng Giang), Trương Chi Động (Hồ Quảng), Lý Hồng Chương (Lưỡng Quảng) thỏa hiệp với các nước ký kết Chương trình Trung Ngoại bảo vệ chung, có tác dụng kiềm chế phong trào Nghĩa Hòa Đoàn không lan xuống phía nam Trường Giang.

Sau khi rời khỏi chức Tổng đốc Lưỡng Giang, năm 1903 ông về kinh đô đảm nhận chức vụ Quân cơ Đại thần. Năm 1906, Trương Chi Động được bổ nhiệm làm Thượng thư Bộ Binh.